A historia deste municipio atópase fortemente influenciada pola súa relevancia no Camiño de Santiago.
A súa función de paso marcou a historia local. Pedrafita do Cebreiro formou parte do intinerario das vías romanas; da vía que por Triacastela conducía ó interior da Galicia antiga; despois do Camiño de Santiago e Camiño Real, para constituirse finalmente como a primeira estrada moderna de acceso dende a meseta no século XIX. Pedrafita do Cebreiro constitúe a entrada en Galicia do Camiño Francés.
Esto unido ó milegre do Santo Grial acontecido no Cebreiro, convirten a esta localidade nun lugar de peregrinaxe obrigado desde fai siglos.
Para comezar a falar da historia do Cebreiro temos que remontarnos a tempos anteriores ós romanos. As pallozas son as vivendas tradicionais, testemuñas inmellorables dun asentamento prerrománico, que deron cobixo durante milenios os seus habitantes. Hoxe, convertidas en reclamo turístico, son utilizadas como Museo Etnográfico ou refuxio de peregrinos.
O Santuario do Cebreiro é o referente histórico deste municipio, dada a súa relevancia no Camiño Xacobeo e o milagre acontecido. O mosteiro foi abandonado no 1858. A Igrexa de Santa María a Real restaurada no 1961 foi antigo Priorato e hospital.
O primeiro hospital data do 835, pero será no 1072, cando adquira maior relevancia ó pasar as máns dos monxes franceses de Aurillac, e xa no século XIV alcanzará fama universal co Milagre do Santo Grial, acontecido cando nun día de forte temporal de neve un monxe celebreba misa na capela. Un veciño da parroquia de Barxamaior desafiou a tempestade achegándose ata O Cebreiro para escoita-la misa. O monxe menospreciou o sacrificio do fregués exclamando cando o viu chegar: “cual viene este otro con una tan gran tempestad, y fatigado, a ver un poco de pan y vino” e nese momento a hostia trasformouse en carne e o viño en sangue.

A lenda extendese por toda Europa, e o santuario obtivo diversas bulas papais e privilexios reais.
En 1486 os Reis Católicos, de peregrinaxe a Santiago, chegan ó Cebreiro para contempla-lo milagre e fan doazón do relicario onde se gardan os restos. O Cálice e a Patena son afamadas pezas do románico, en especial o Cálice que figura no escudo de Galicia.
A tradición popular conta que a raíña Isabel quixo levar con ela as reliquias do Cebreiro. A comitiva rexia partiu cara a castela e chegando o lugar de Perece, a uns 20 quilómetros do Cebreiro, os cabalos pararon e foi imposible facelos continuar. O medo apoderouse da comitiva e deixaron libres os cabalos que voltaron as portas da Igrexa de Santa María do Cebreiro. Vendo esto a Raíña ordeou que as reliquias continuasen no Cebreiro.

A influencia dos Reis Católicos na historia destas terras refléctese tamén no feito da petición que fan o Papa Inocencio VIII para restaurar a hospedaría e o hospital, e pola súa mediación O Cebreiro pasa a depender da orde bieita de Valladolid. Posto que O Cebreiro dependía dunha orde francesa, eliminaron os lazos que o unían co exterior facendo depender ó Cebreiro dunha casa española.
O empeño dos Reis Católicos por engrandecer ó Cebreiro está presente nos contínuos privilexios que se lle irán otorgando ó longo dos anos e que se suman ós xa obtidos en épocas anteriores doutros reises. Deste xeito O Cebreiro chegará ó seu apoxeo en tódolos eidos, tanto materiáis coma espirituáis.
O Cebreiro tivo unha extraordinaria importancia na loita contra os franceses,dada a súa posición estratéxica de paso entre Castela e Galicia. No 1809 as tropas de Moore invaden os montes de O Cebreiro na súa fuga cara a Lugo e Coruña. As tropas francesas dan morte a Fournier, gobernador de Lugo, provocando a reacción do seu irmán, que dirixe unha expedición de castigo devastando o seu paso bosques e poboados. As reliquias do Cebreiro agochanse na aldea de Foxos, sendo destruídos os libros antigos do Cebreiro.